飞纳扫描电镜在质检工作中一直起着非常重要的作用，广泛应用于金属材料、无机非金属材料以及高分子材料的微观形貌分析检测等工作中。由于传统的高真空扫描电镜难干直接观察检测不导电样品，而对非导电样品进行喷金成者喷碳处理后虽然可以用传统的扫描电镜进行检测，但是这使得检测过程费时费力，而且对于样品的微观形貌会造成影响和干扰，在用扫描电镜的能谱仪配件进行样品的成分检测时也会影响到检测结果，对于含水样品及不适合喷金处理的半导体样品，传统的扫描电镜则不适合进行检测工作。因此，传统的高真空扫描电镜在质检工作中有很大的局限性。
飞纳扫描电镜的发展极大的扩展了扫描电镜在质检中的应用，而且极大的节省了样品的处理时间与样品的检测时间，并且降低了检测结果的各种干扰因素，使得检测结果更准确。
常规扫描电镜的样品室的真空度要求一般要小于10-3Pa，对样品的要求比较高。样品需要通过复杂的处理过程才能进行检测，而处理样品则需要浪费很大的人力和物力，并且处理样品的过程会对样品的微观形貌造成影响，会影响样品检测的结果。而飞纳扫描电镜则可以直接观察不导电的样品或者动植物样品，这扩展了扫描电镜的应用范围，减低了人力物力，并且可以提高检测精度。
很多样品内部不是致密结构，如水泥、多孔陶瓷、粉末冶金制品等，在使用传统显微镜时，样品室在抽真空时会比较困难，即使达到真空要求也需要较长的时间，对于强度弱的样品甚至会破坏样品.对扫描电镜的使用寿命也会受到影晌。低真空扫描电子显微镜则不存在这些问题。
传统高真空扫描电镜在对不导电样品进行成分分析时，可以通过喷金镀膜处理，但喷金处理会在样品表面增加一层金属膜，对其成分分析会造成影响。不导电样品不进行镀膜处理，可以选择较低的电压对样品进行观察，但是不能进行成分分析。低真空扫描电镜则可以直接对不导电样品进行观测的同时直接检测样品的化学成分。
